Hai đại học quốc gia sẽ trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo nhưng vẫn duy trì quyền sử dụng con dấu có hình quốc huy và nhận ngân sách trực tiếp từ Chính phủ.
Hai đại học quốc gia thuộc quản lý của Bộ Giáo dục và Đào tạo, nhưng vẫn sử dụng con dấu có hình quốc huy, là đơn vị dự toán cấp I. Về nhân sự, hai đại học thực hiện quy trình, báo cáo để Bộ Giáo dục và Đào tạo trình Thủ tướng bổ nhiệm, miễn nhiệm giám đốc, phó giám đốc, chủ tịch hội đồng đại học.
Việc này giúp duy trì sự quản lý chặt chẽ từ Bộ Giáo dục và Đào tạo, đồng thời vẫn bảo đảm sự tự chủ, tự chịu trách nhiệm của hai cơ sở giáo dục này phù hợp với mô hình hoạt động của họ từ trước đến nay.
Đại học quốc gia xây dựng quy chế đào tạo các trình độ của giáo dục đại học, báo cáo Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành theo quy định của Luật Giáo dục đại học và các quy định của pháp luật có liên quan.

Đặc biệt, các trường đại học khác trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo hiện là đơn vị dự toán cấp II, nhận kinh phí qua một cấp trung gian, trong khi hai đại học quốc gia sẽ là đơn vị dự toán cấp I. Điều này tạo điều kiện để hai đại học quốc gia hoạt động linh hoạt hơn trong việc quản lý tài chính và phát triển các hoạt động nghiên cứu, giảng dạy.
Việt Nam hiện có hai đại học quốc gia, đại học quốc gia Hà Nội và đại học quốc gia TPHCM, được thành lập lần lượt vào năm 1993 và 1995, với tổng quy mô đào tạo khoảng 150.000 sinh viên. Theo quy hoạch, Việt Nam sẽ có thêm đại học quốc gia Huế và Đà Nẵng vào năm 2030.
Theo Nghị định 186 và các luật liên quan, đại học quốc gia có quyền tự chủ cao trong các hoạt động về đào tạo, nghiên cứu khoa học, tài chính, quan hệ quốc tế và tổ chức bộ máy; được thí điểm mở các ngành, chuyên ngành mới, ngoài danh mục các ngành, chuyên ngành đào tạo đã được quy định.