Khác với dự thảo trước đó, lần này Chính phủ quyết định giữ nguyên mô hình tổ chức chính quyền địa phương, tiếp tục duy trì Hội đồng nhân dân (HĐND) ở tất cả đơn vị hành chính cấp xã, thay vì loại bỏ HĐND tại các xã thuộc đô thị như đề xuất trước đây.
Theo Bộ trưởng Bộ Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà, quy định này nhằm đảm bảo việc tiếp tục thực hiện mô hình chính quyền đô thị tại một số thành phố trực thuộc Trung ương theo Luật Thủ đô và các nghị quyết của Quốc hội.
Trước đó, trong phiên họp 42 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ đã trình dự thảo với phương án không tổ chức HĐND cấp xã ở các quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương. Tuy nhiên, phương án này đã vấp phải nhiều ý kiến trái chiều, lo ngại về sự thiếu vắng vai trò giám sát của HĐND tại địa phương.

Bản dự thảo lần này cũng hướng đến nguyên tắc “rõ người, rõ việc, rõ trách nhiệm”, phân định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn giữa HĐND và UBND, cũng như giữa tập thể UBND và Chủ tịch UBND. Theo đó, Chủ tịch UBND sẽ được tăng thêm thẩm quyền và trách nhiệm, nhằm đảm bảo hiệu quả trong điều hành.
Ủy ban Pháp luật của Quốc hội cơ bản đồng thuận với phương án tiếp tục giữ mô hình tổ chức chính quyền địa phương như hiện nay. Ông Hoàng Thanh Tùng, Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật, cho rằng việc duy trì HĐND sẽ tạo điều kiện cho các cơ quan có thời gian nghiên cứu, hoàn thiện mô hình tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị trước khi thực hiện đổi mới một cách toàn diện.
Quốc hội đã từng cho phép TP Hà Nội thực hiện mô hình chính quyền đô thị theo Luật Thủ đô, cùng với một số thành phố trực thuộc Trung ương đang áp dụng mô hình này theo các nghị quyết của Quốc hội. Kết quả ban đầu cho thấy hiệu quả tích cực. Vì vậy, Ủy ban Pháp luật đề nghị Chính phủ tiếp tục tổng kết, đánh giá toàn diện việc tổ chức chính quyền đô thị để có thể xây dựng mô hình chính quyền địa phương tinh gọn, phù hợp với tình hình thực tế.
Về cơ chế hoạt động của UBND, Ủy ban Pháp luật tán thành việc giữ nguyên nguyên tắc hoạt động như luật hiện hành nhưng đề nghị làm rõ vai trò và trách nhiệm của Chủ tịch UBND, từng thành viên UBND. Một số ý kiến cho rằng trong dài hạn, cần nghiên cứu cải cách theo hướng UBND làm việc theo chế độ thủ trưởng, nhằm đề cao trách nhiệm của Chủ tịch UBND, giảm bớt sự chồng chéo trong hoạt động hành chính.
Việc Chính phủ điều chỉnh lại dự thảo, giữ nguyên mô hình tổ chức chính quyền cấp xã, phản ánh sự thận trọng trong cải cách hành chính, đồng thời đảm bảo quyền giám sát và đại diện của người dân ở cấp cơ sở.