Theo nghị định, cơ cấu tổ chức của Bộ Tư pháp gồm 20 đơn vị, giảm 5 đơn vị so với trước đây.
Trong đó, các tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm :
Vụ Công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật.
Vụ Pháp luật hình sự - hành chính.
Vụ Pháp luật dân sự - kinh tế.
Vụ Pháp luật quốc tế.
Vụ Tổ chức cán bộ.
Vụ Hợp tác quốc tế.
Thanh tra bộ.
Văn phòng bộ.
Cục Quản lý thi hành án dân sự.
Cục Kiểm tra văn bản và Quản lý xử lý vi phạm hành chính.
Cục Phổ biến, giáo dục pháp luật và Trợ giúp pháp lý.
Cục Hành chính tư pháp.
Cục Đăng ký giao dịch bảo đảm và Bồi thường nhà nước.
Cục Bổ trợ tư pháp.
Cục Kế hoạch - Tài chính.
Cục Công nghệ thông tin.
Các đơn vị sự nghiệp công lập gồm:
Viện Chiến lược và Khoa học pháp lý;
Học viện Tư pháp;
Tạp chí Dân chủ và Pháp luật;
Báo Pháp luật Việt Nam.

Vụ Công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật có 03 phòng, Vụ Pháp luật hình sự - hành chính có 03 phòng, Vụ Pháp luật dân sự - kinh tế có 04 phòng, Vụ Pháp luật quốc tế có 04 phòng, Vụ Tổ chức cán bộ có 05 phòng, Vụ Hợp tác quốc tế có 03 phòng.
Bộ trưởng Bộ Tư pháp quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc bộ và trình Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập khác thuộc bộ.
Nghị định cũng nêu rõ, Tổng cục Thi hành án dân sự tiếp tục thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định pháp luật cho đến khi Quyết định của Bộ trưởng Bộ Tư pháp quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý thi hành án dân sự có hiệu lực thi hành.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/3/2025.
Bộ Tư pháp là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: Xây dựng pháp luật; tổ chức thi hành pháp luật; thi hành án dân sự; hành chính tư pháp; bổ trợ tư pháp; công tác pháp chế; quản lý nhà nước các dịch vụ sự nghiệp công trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ.
Bộ Tư pháp giúp Chính phủ kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật do bộ, cơ quan ngang bộ, Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và chính quyền địa phương ở đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt ban hành; kiến nghị xử lý đối với các văn bản trái pháp luật theo quy định pháp luật.
Bộ Tư pháp giúp Chính phủ thống nhất quản lý công tác thi hành pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong phạm vi cả nước theo quy định pháp luật; đồng thời, giúp Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về hỗ trợ pháp lý cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong phạm vi cả nước theo quy định pháp luật.