Theo luật mới được thông qua, hệ thống các cơ quan thanh tra được tổ chức theo 2 cấp gồm: Thanh tra Chính phủ và Thanh tra tỉnh, thành phố.
Có các cơ quan thanh tra đặc thù gồm cơ quan thanh tra trong Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, bao gồm Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an.
Thanh tra Ngân hàng Nhà nước và các cơ quan thanh tra khác trong Quân đội nhân dân, Công an nhân dân, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam theo quy định của Chính phủ.
Thanh tra Cơ yếu; Cơ quan thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
So với luật cũ, luật mới đã lược bỏ quy định về thanh tra cấp bộ, tổng cục, cục thuộc bộ; cơ quan thanh tra ở cơ quan thuộc Chính phủ, thanh tra sở, thanh tra huyện, tổ chức và hoạt động của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành…
Chức năng của cơ quan thanh tra cũng có điểm mới khi bổ sung "phòng chống lãng phí", theo luật mới cũng bổ sung điểm mới.
Luật vừa được Quốc hội thông qua đã bổ sung và cụ thể hóa các hành vi bị nghiêm cấm, bao gồm các hành vi như cố ý không ra quyết định thanh tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật, thanh tra không đúng thẩm quyền, không đúng nội dung; nhận hối lộ, môi giới hối lộ, lợi dụng chức vụ, quyền hạn để sách nhiễu, gây khó khăn, phiền hà, lạm quyền; bao che, cố ý bỏ lọt hành vi vi phạm pháp luật, tham nhũng, lãng phí, tiêu cực; cố ý kết luận sai sự thật, không kiến nghị khởi tố các vụ việc có dấu hiệu tội phạm.
Các hành vi không cung cấp thông tin, tài liệu hoặc cung cấp không kịp thời, không đầy đủ, không trung thực, chiếm đoạt, tiêu hủy, làm sai lệch tài liệu; tiết lộ thông tin, tài liệu liên quan đến cuộc thanh tra khi kết luận chưa được công khai… cũng bị nghiêm cấm.
Thời hạn thanh tra được rút ngắn đáng kể. Cuộc thanh tra do Thanh tra Chính phủ tiến hành không quá 60 ngày (trước đây 90 ngày).
Cuộc thanh tra do Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước, thanh tra tỉnh tiến hành không quá 45 ngày (trước đây 60 ngày). Cuộc thanh tra do Thanh tra Cơ yếu và các cơ quan thanh tra khác tiến hành không quá 30 ngày.
Quy định về thanh tra lại được chỉnh lý theo hướng chặt chẽ hơn. Các dấu hiệu vi phạm pháp luật để tiến hành thanh tra lại được làm rõ với thời hiệu thanh tra lại là 2 năm kể từ ngày ban hành kết luận thanh tra.
Tổng Thanh tra Chính phủ và Tổng Kiểm toán nhà nước chỉ đạo phối hợp trong xây dựng, thực hiện kế hoạch, xử lý chồng chéo, trùng lặp; cung cấp, trao đổi thông tin và sử dụng kết quả của nhau.
Bổ sung quyền mới cho Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh
Luật cũng quy định bổ sung nhiệm vụ, quyền hạn mới cho Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh.
Thanh tra Chính phủ có quyền "thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân thuộc quyền quản lý của bộ với bộ không có Thanh tra bộ"; "thanh tra việc chấp hành pháp luật trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ không có Thanh tra cấp bộ".
Vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của nhiều bộ, cơ quan ngang bộ, UBND cấp tỉnh cũng thuộc quyền thanh tra của Thanh tra Chính phủ.
Với Thanh tra tỉnh, luật quy định bổ sung nhiệm vụ, quyền hạn "thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan chuyên môn, tổ chức hành chính khác và đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND cấp tỉnh" cho phù hợp với pháp luật về tổ chức chính quyền địa phương.
Đồng thời quy định cụ thể về việc thanh tra đối với UBND cấp xã và cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp xã.



