Sau sáp nhập, toàn bộ bộ máy tổ chức, nhân sự, cơ sở vật chất và chức năng khám chữa bệnh đa khoa, bệnh nghề nghiệp của Bệnh viện Giao thông vận tải TPHCM sẽ được bàn giao về Bệnh viện Phục hồi chức năng - Điều trị bệnh nghề nghiệp. Riêng mảng quan trắc môi trường lao động, đào tạo cấp chứng chỉ và phòng chống dịch bệnh sẽ do Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TPHCM (HCDC) tiếp nhận phụ trách.
Đơn vị hợp nhất sẽ sở hữu 4 cơ sở, bao gồm trụ sở chính tại 313 Âu Dương Lân (phường Chánh Hưng) cùng 3 địa điểm tiếp quản mới tại đường Trần Quốc Toản và đường Cách Mạng Tháng Tám. Dự kiến cơ sở 2 sẽ ra mắt vào cuối tháng 9/2026, các bên có 30 ngày chuyển tiếp để hoàn tất công tác bàn giao, bảo đảm không gián đoạn hoạt động khám chữa bệnh của người dân.

